Le 13 avril 1661, le Conseil d’État rend obligatoire pour les religieuses comme pour tous les ecclésiastiques de France la signature du Formulaire d’Alexandre VII qui condamne cinq propositions tirées de l’Augustinus de Jansenius. Les religieuses du Monastère de Port-Royal essayent dans un premier temps d’esquiver en jouant sur les mots (distinction du droit et du fait), mais quand on leur interdit ce moyen, se divisent profondément entre celles qui refusent de signer (menées par l’ancienne maîtresse des novices, Angélique de St Jean) et celles qui, derrière sœur Flavie, qui dénonce les premières, se soumettent. 
Ancien disciple de Charles Maurras et de Maurice Barrès, Montherlant fait partie de ces très rares auteurs issus de l’extrême droite à s’opposer fortement, dès les années 1930, à l’hitlérisme, puis plus tard à la collaboration. Qu’on ne s’y trompe donc pas, Port-Royal est certes une de ses œuvres les plus religieuses, avec des réflexions d’une finesse incomparable sur l'engagement spirituel, le doute et l'approfondissement de la foi, mais c’est d’abord une réflexion sur  la question de la soumission des convictions profondes aux autorités religieuses et temporelles, actuelles et à venir, précisément à une époque où cela venait de prendre des proportions dramatiques. Dans l’immédiat après-guerre, le succès phénoménal de l’œuvre s’explique à l’évidence pour tous de la difficulté mais aussi de l’importance de ce questionnement moral fondamental, qui bien évidemment reste toujours aujourd’hui d’actualité que ce soit au sujet des migrants ou de Gaza. Alors que l’Église met en égales parties dans les armes du Vatican l’argent du temporel et l’or du spirituel,  Montherlant fait  clairement primer le second, et préfère ceux qui vivent « sous l’aile de Jésus Christ » à ceux qui vivent « sous l’aile du pouvoir »…  Tout est résumé dans le dialogue d’adieu entre Sœur Angélique et Sœur Françoise, quand la première promet à la seconde de demeurer fidèle (« On n’est jamais seule quand on a la foi »), et que la seconde lui répond : « La nuit passera et la vérité de Dieu demeurera ».